4月17日，审计署玉树地震救灾款物审计协调指导小组派出现场指导组，紧急奔赴玉树地震灾区指导一线救灾款物跟踪审计工作。在西宁，指导组在与青海省审计厅认真讨论救灾款物审计工作方案后，明确了审计的重点、组织分工和工作要求等事项，决定分两个小组开展工作：一组赶赴玉树灾区现场指导审计工作；另一组在西宁负责沟通、联系和协调，并协助省审计厅进一步完善救灾款物审计工作方案和工作部署。
     19日早6时，指导组从西宁启程奔赴玉树灾区现场。经过14个小时、820多公里的长途跋涉，翻越海拔4824米的巴颜喀拉山等6座山峰，克服了天气恶劣、路途崎岖、高原缺氧等重重困难，晚8时左右，指导小组一行抵达玉树。当晚，指导组在了解了灾区审计工作开展情况后，立即对玉树州县参审人员进行了应急培训。培训中，指导组结合汶川地震救灾款物审计经验，重点讲解了如何快速开展审计工作、如何帮助救灾款物发放点尽快建立账簿和统计软件、审计关注的重点等。
4月20日，指导组先后到审计现场、民政救灾款物接收拨付点和红十字会救灾捐赠款物接收拨付点，实地查看了救灾款物接收、管理、拨付等情况。